深圳航电研究院由国家民航总局和深圳市政府领导、航电企业从业人员、相关产业代表组成理事会，通过理事会领导下院长负责制的形式进行运营，理事会中选取部分成员形成决策委员会，在理事会的授权下确定研究院战略发展方向，决策研究院的重大经营事项。

       框架体系主要包括航电检测中心、适航审定支持中心、航电研究中心、标准部和航电企业孵化中心等五个方面。

       作为公益性机构，航电研究院以支撑行业发展作为主要职能，为航电产业整合提供集航电产品验证测试、适航审定支持、航电核心技术研发及成果转化、航电标准制订与推广、企业孵化等为一体的多层次、完整性、开放式、专业化的公益性公共服务。